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初期，健康一体机健康体检机构的申请审批没有一个明确的标准，只要是有一定的资金，购买了进行健康一体机健康体检所需要的仪器设备即可。因此，健康一体机健康体检行业鱼龙混杂，给市场造成了混乱。直到卫生部出台《健康查体管理暂行规定》，才对建立健康一体机健康体检机构的申请条件提出了明确的说明。虽然这样，健康一体机健康体检行业也是属于主要依靠仪器设备，技术含量相对较低的行业，行业的入门门槛并不高。
在人员上，由于我国医疗行业发展的特殊性，优秀的医疗工作者大多集中在大城市的大型综合医院，去大城市的大型综合医院工作也是大部分医疗工作者所追求的，这一矛盾导致了健康一体机健康体检机构往往找不到优秀的医疗工作人员，不得不返聘一些已经退休的医疗工作者，尤其是在需要借助医生加以分析和判断的专科体检项目上体检往往人力资源不足，这种医疗人员的匮乏会影响健康检查报告和准则的准确性，不利于企业发展。
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